復活した大道寺が告げた銀河の裏切り。そしてペガシスを入手し、恐るべき力を振りかざして全面降伏を迫るキラ。銀河を信じるゼロは仲間と共に事の真相を掴み、反撃に出るべく大道寺の残した足取りを追ってＤＮＡ本部を目指す。しかし案の定、そこには罠が仕掛けられていた。現れた新たなブレーダー、カルラは自然現象を自在に操り、ゼロたち全員を手玉に取って見せる。