ネオ・バトルブレーダーズが終わってはや３ヶ月。決勝でのゼロの戦いに触発された各地のブレーダーたちは今日も熱いバトルを繰り広げていた。そしてＷＢＢＡは次なる展開として世界大会の実施を発表。ゼロを中心とした第一次メンバーに続き、第二次メンバーを決定するトーナメントの開催を決定する。盛り上がるブレーダーたち。しかしＤＮＡのブレーダーたちが各地の会場で露骨な妨害行動を起こす事態が発生する！？